München, Deutschland, 1923.
Zwei Jahre sind vergangen seit Edward Elric von seiner Welt in die unsere kam, sein Land, seine Freunde und seinen jüngeren Bruder, Alphonse, zurücklassend.
Seiner alchemistischen Kräfte beraubt, arbeitete er gemeinsam mit Alphonse Heiderich, der ihn stark an seinen kleinen Bruder erinnerte, an der Erforschung von Raketen, in der Hoffnung eines Tages in seine Welt zurückkehren zu können. Seine Anstrengungen führten bis jetzt zu keinen bedeutenden Ergebnissen, aber als er von der Thule Organisation erfährt, einer geheimen okkultistischen Gruppe, die stark mit der Nazi Partei verbunden war, die den Standort eines geheimen, legendären Ortes namens „Shambala“ entdeckt haben soll. Edwards Hoffnungen erstarkten.

Währenddessen forscht Alphonse Elric in seiner Welt nach einer Methode die ihn und seinen Bruder wieder zusammenführen kann. Dafür vertieft er sich noch weiter in die Geheimnisse der Alchemie.